Nuo 1998 m. muziejus parengė ir išleido apie 50 leidinių. Naujausi iš jų, pasirodę 2019 m. – „Kaišiadorietiška virtuvė“ (autorė Nijolė Adukonienė), 2021 m. – „Trakų penktoji rinktinė: Kaišiadorių regiono šaulių istorija 1919–1940 m.“ (autorius Olijardas Lukoševičius), 2022 m. – „Kruonio apylinkės“ (sudarytojas Olijardas Lukoševičius). Nuo 2004 m. iki 2012 m. Kaišiadorių muziejus (kartu su Kaišiadorių viešąja biblioteka) dalyvaudavo Vilniaus knygų mugėje bendrame stende, kur pristatydavo Kaišiadorių muziejaus ir kitų šios savivaldybės leidėjų knygas. Kai kurias muziejaus išleistas knygas galima skaityti skyriuje „Skaitykla“.