Istoriniai tyrinėjimai
Pagrindinis istorinių-kultūrinių tyrinėjimų tikslas – pažinti regiono kultūrinę, socialinę, ūkinę ir politinę raidą, bet tyrimai būtini ir muziejaus eksponatų istorinio konteksto atskleidimui, vietinės istorijos populiarinimui. Vienas sėkmingiausiai įgyvendintų projektų buvo Kaišiadorių savivaldybės gyvenviečių tyrinėjimas (autorius R. Gustaitis), kurio metu surinkta medžiaga apie 752 esančias ir išnykusias gyvenvietes, pradedant Kaišiadorių miestu ir baigiant smulkiausiu vienkiemiu. Vienas įdomiausių atradimų – Kaišiadorių vardo kilmės išaiškinimas. Papildoma kartografinė medžiaga leido lokalizuoti daugelį istoriniuose šaltiniuose minimų gyvenviečių. Gyvenviečių tyrinėjimai 2001 m. paskelbti atskiroje knygoje „Kaišiadorių rajono gyvenviečių žinynas“. Kitas ilgalaikis projektas – savivaldybės kraštotyrinės bibliografijos sudarymas (išleista 2001 m. kompaktinėje plokštelėje). Jos paskirtis – pateikti parankinį leidinį, kuriame suregistruota iki šiol publikuota istorinė, etnografinė ir kita kraštotyrinė medžiaga apie Kaišiadorių rajoną. Taip pat parengtos atskiros istorijos, archeologijos ir etnografijos bibliografijos. 2003 m. pradėtas naujas projektas – savivaldybės teritorijoje gyvavusių žydų bendruomenių istorinis pažinimas. Surinktos medžiagos pagrindu buvo parengtas ir 2006 m. išleistas leidinys „Kaišiadorių regiono žydai“ (autorius R. Gustaitis), 2011 m. šios medžiagos pagrindu parengta kilnojamoji paroda „Žydai Kaišiadorių regione“. Be archyvinių šaltinių siekiama fiksuoti ir atsiminimus. M. Marcevičienė 2003–2011 m. rinko atsiminimus apie regiono tremtinius, senuosius Kaišiadoris, iš Kaišiadorių kilusius menininkus. Atsiminimai išleisti knygose „Atmintis: tremtinių atsiminimų rinkinys“ (2003 m.), „Atsimenantys Kaišiadorys“ (2007 m.), „Sujungianti atmintis: Kaišiadorys – į Vakarus, į Rytus“ (2010 m.). 2014–2015 m. ruošiantis paminėti Palomenės parapijos 100-metį buvo renkama medžiaga apie Palomenės apylinkes, o 2015 m. išleista knyga „Palomenės istorija: XX amžius“ (aut. O. Lukoševičius). Pasitinkant Lietuvos nepriklausomybės 100-metį renkama istorinė medžiaga apie savivaldos formavimąsį Kaišiadorių regione. Šios medžiagos pagrindu 2019 m. išleista knyga „Trakų (Kaišiadorių) apskritis 1918-1940 m.: tarp valdžios ir savivaldos“ (aut. O. Lukoševičius). Tyrinėjant Kaišiadorių istoriją pasitelkiami ir specializuotų sričių tyrinėtojai. Pavyzdžiui, surinkta medžiaga apie Kaišiadorių vyskupijoje esančius varpus, šios medžiagos pagrindu 2008 m. buvo išleista knyga „Kaišiadorių vyskupijos bažnyčių varpai“ (autorius G. Žalėnas). Muziejus taip pat kaupia istorinių tyrimų, kuriuos atliko kitos institucijos bei pavieniai tyrinėtojai, medžiągą, kuri saugoma archyve. Tyrinėjant Kaišiadorių rajono istoriją daug medžiagos surinko ir paskelbė tyrinėtojai G. Žalėnas (bažnytinė dailė), A. Miškinis (urbanistika), V. Karvelytė-Balbierienė (architektūra), A. Girininkas ir A. Žalnierius (archeologija), V. Baltrušaitis (etnografija), taip pat vietos kraštotyrininkai J. Laurinavičius (žymūs kraštiečiai), S. Abromavičius (Rumšiškių apylinkės, rezistencinis judėjimas) ir kt.