Svarbiausias Kaišiadorių muziejaus uždavinys – kaupti ir saugoti archeologiniu, istoriniu, etnografiniu, meniniu, memorialiniu ar kitu kultūros požiūriu vertingą medžiagą, atspindinčią Kaišiadorių regiono kultūros istoriją. Kaišiadorių muziejaus fonduose sukaupta apie 52 000 eksponatų. Iš jų suformuoti archeologijos, istorijos, fotografijos, raštijos, numizmatikos, medalių ir plakečių, etnografijos, dailės, gamtos, memorialiniai Viktoro Ruokio, Jono Aisčio, Algirdo Brazausko rinkiniai. Depozito teisėmis saugoma beveik 300 eksponatų, kurių didžiąją dalį sudaro liturginiai drabužiai. Chronologiškai muziejaus rinkiniai apima laikotarpį nuo akmens amžiaus iki šių dienų, o geografiniu požiūriu orientuojamasi į Kaišiadorių savivaldybės teritorijoje esančias, taip pat į istoriškai su Kaišiadorimis arba regionu susijusias kultūros vertybes.